Почвоутомление вызывает совокупное действие физических, химических и особенно биологических факторов.
При бессменном выращивании культура поглощает определенные элементы питания из определенного слоя почвы, что приводит к его обеднению. Одинаковый химический и биохимический состав поступающих в почву растительных остатков дает однотипный характер их разложения. В результате состав почвенных микроорганизмов обедняется. Преимущественное развитие некоторых из них приводит к накоплению органических соединений только определенного состава.
В конечном счете концентрация таких соединений в почве достигает критического уровня и угнетает растение. При монокультуре на участке из года в год постепенно накапливаются специфические для каждого вида растений вредные насекомые, болезнетворные организмы (грибы, бактерии, вирусы, нематоды) и сорняки.